Der Joker - Batman`s Erzrivale - wird nach Arkham Asylum gebracht, ein Hochsicherheitsgefängnis für Schwerverbrecher. Dort soll er von nun an seine Taten bis an sein Lebensende bereuen. Doch es kommt anders als geplant und der Joker schafft es nach seiner Einweisung den Spiess umzudrehen und das gesamte Gefängnis unter seine Kontrolle zu bringen.
Höchstgefährliche Insassen verlassen ihre Zellen und treiben in neu errungener Freiheit ihr Unwesen. Nun liegt es an Batman das Asylum zurückzuerobern und den Joker hinter Gittern beziehungsweise zur Strecke zu bringen.
Auf seiner Suche nach dem gefürchteten Clown begegnet er unter anderem auch weiteren Erzfeinden wie Croc, dem mutierten Krokodil, Poison Ivy und Harley Quinn. Jeder dieser Gegner ist zuversichtlich den dunklen Ritter stoppen zu können, besonders da jeder von ihnen sein präferiertes Territorium besetzt.
Croc ist im düsteren Kanalsystem anzutreffen und Ivy im Glashaus - der Gärtnerei des Asylums - wo sie bereits hinblickend auf die Begegnung mit Batman eine riesige Pflanze heranzüchtet.
Auch Scarecrow - die Vogelscheuche, einer der berüchtigsten Feinde Batmans - schleust sich immer wieder in Batmans Gedanken ein und versucht ihn auf diese Weise zu vernichten.
Auch der Riddler macht sich immer wieder durch knifflige Rätsel bemerkbar, die Batman einiges an Geschick und Gerissenheit abverlangen, um diese zu meistern.
Die Anzahl der Gegner und Erzfeinde auf die Batman trifft ist gewaltig. Alle halten sie zusammen um den dunklen Ritter ein für alle Male zur Strecke zur bringen.
Währenddessen ist Batman auf sich allein gestellt - wird er es schaffen den wahnsinnigen Joker aufzuhalten und seine geisteskranken Pläne zunichte zu machen?